日本におけるルーマニア人聖職者の存在は、19世紀後半にまで遡ることができる。実際、聖ニコラウス・カサトキンの日本宣教における最も親しい協力者は、バサラビア人のヒエロモンク、アナトリー・ティハイであった。彼は1871年12月に来日した。彼は、後の日本の聖ニコラウスが日本で形成された正教会の共同体を維持するのを助けるよう委任された。1873年、アナトリー神父は函館に正教小学校を設立し、その後7年間教鞭をとった。1880年、アナトリー神父は大司教に昇格し、ニコライ大司教から、新しく設立された語学学校と神学校の学部長になるために東京に来るよう要請された。1882年末には、アナトリー大司教の健康状態が悪化し、ロシアへの帰国を余儀なくされ、1893年に死去した。

在日ルーマニア正教会の歴史におけるもう一人の重要人物は、聖歌隊長のイアコフ・ティハイである。彼はアナトリー・ティハイ大司教の弟で、ニコライ大司教に弟を推薦されて来日した。彼は日本宣教の最初の数十年間、ロシア典礼音楽の主要な翻訳者となった。ディミトリ・ルボフスキーとともに東京に典礼音楽学校を設立。1876年、ヤコブ・ティハイは日本の名家の娘、横井イエレーナと結婚。ヤコブは1887年にオデッサを訪問中に亡くなり、妻と子供たちはその後日本に帰国した。

ベッサラビア出身の最初の2人のルーマニア人宣教師が亡くなってから2008年まで、日本で活動したルーマニア人聖職者の記録はない。

2008年1月、マリア・バルブと安井浩司が代表を務める在日ルーマニア人コミュニティは、ルーマニア正教会の司祭を日本に定住させ、日本列島にいるルーマニア人の魂のケアをするよう、ルーマニア総主教庁に要請した。

こうして2008年11月、アレクサンドル・ニコディム神父は、両者間の一連のやり取りを経て、東京とその近郊に新設された小教区「聖グレ殉教者ジョルジュ」の教区司祭として派遣されることになった。ニコディム神父は妻のモニカと息子のステファンと共に来日した。2008年から2010年まで静岡県伊豆に住み、そこで神の典礼を司式した。このような状況の中、ニコディム師はカトリックのレオ・シューマッハ神父と出会い、神父が教区司祭を務めていた東京・目黒のカトリック聖アンセルム教会の一室をルーマニア正教会に提供してくれることになった。2013年、ニコディム神父とその家族は、個人的な問題のためにルーマニアに帰らなければならなかった。

2013年8月、ニコディム神父の後任としてダニエル・コリウ神父がクリスティーナ・エレナ夫人とともに来日した。

2013年11月、東京都世田谷区用賀にあるカトリックの礼拝堂を使用できるようになるまで、教区の主座は目黒の聖アンセルム教会であり続けた。独自のスペースを確保したことで、在日ルーマニア正教会は安定し始め、土着のルーマニア教会としての形をとり、教区民も増え始めた。しかし、外的要因により、2016年、教会共同体は再び東京都国立市に移転しなければならなくなった。新しい場所もカトリック教会のものだったが、地元の信徒は月に1度しか利用していなかった。そこで教会員たちは、売却する明確な意図を持って、ルーマニア正教会に貸すことに同意した。ルーマニア総主教庁とルーマニア政府、そしてルーマニア正教会の個々の信徒の資金援助により、1年かけて教会と土地の購入に必要な金額が集まり、2017年3月、ルーマニア正教会は日本全国で最初のルーマニア正教会の礼拝所の所有者となった。

2017年から2020年にかけて、正教会の儀式に従って教会の改修と装飾が数多く行われた。これらの工事は、2020年11月3日、司祭と助祭の一団に囲まれた南・西ヨーロッパのメトロポリタン、ヨセフ猊下による大殉教者聖ゲオルギウス教会の奉献式によって頂点に達した。

日本で最初のルーマニア教会の奉献式で受けた祝福を通して、ルーマニア正教会は、これらの土地で正教の精神と信仰を拡大し養うことを目的とした数多くの宣教プロジェクトを発展させるための踏み台を見出した。

2020年8月、在日ルーマニア正教会は、約4年にわたる集中的な検証・調査プロセスを経て、日本政府から宗教法人として認可された。

これらの業績に加え、これまでの最も重要なプロジェクトのひとつは、2022年に大阪に正教会の礼拝堂を設立し、この地域の正教徒に奉仕することである。同様に重要なのは、日本で最初の正教会の墓地を組織し、設立するプロジェクトである。墓地のための土地を整理する官僚的なプロセスは約3年かかり、2024年1月20日に利権契約が締結された。